O pai de Neji,hyuuga hizashi, e o tio de Neji, Hyuuga hiashi, são irmãos gêmeos, só que Hiashi nasceu primeiro, logo foi para a família principal do clã Hyuuga e o pai de Neji para a secundária. Neji cresceu aprendendo a dificuldade do clã secundário. Um dia aparece um ninja com uma mensagem do Raikage do vilarejo escondido do Trovão querendo selar a paz entre Konoha e seu país. Na verdade, esse ninja tinha uma outra missão: sequestrar Hinata Hyuuga (que por coincidência completava seus quatro anos) para descobrir o segredo do Byakugan. Ele foi descoberto e morto. O Raikage ameaçou o Hokage, Sarutobi, de que iria iniciar uma guerra por causa desse ocorrido, porém ele ficaria quieto se recebesse algo: o corpo do líder do clã Hyuuga, Hiashi Hyuuga. O Hokage conversou com os líderes do clã Hyuuga, que concordaram. Só que sem Hiashi saber, seu irmão gêmeo, Hizashi Hyuuga, pai de Neji, aceitou ficar no lugar dele. Hiashi implorou que Hizashi não fizesse isso, mas Hizashi disse "eu não faço isso por você e sim apenas por poder escolher meu destino". Como Hizashi era da família secundária ele tinha um selo que lacrava o Byakugan assim que ele morresse. Como os dois irmãos eram iguais, o corpo foi mandado.Tudo acabou bem entre os dois vilarejos. Neji escutou mal a história e entendeu que seu pai foi obrigado a morrer para salvar seu tio.
Desde então ele nutriu um ódio pela família principal. Ele se confortou num pensamento: o destino de todos é selado. Um vencedor é sempre um vencedor, um perdedor é sempre um perdedor, um membro da família secundária morre como membro da família secundária.

Só que Neji era um gênio. Sozinho ele aprendeu as maiores artes do Byakugan, desenvolvendo uma defesa perfeita com seu Kaiten e um ataque perfeito com seu Juuken hou (estilo). Esse ódio que ele tinha no coração acaba quando Naruto Uzumaki o ensina a ter bondade, a mudar o futuro. Mostrando seus talentos na prova Chuunin, Hiashi se desculpa, conta toda a história para Neji e promete treiná-lo com o Byakugan. Mais tarde, Neji participa da missão de trazer Sasuke Uchiha de volta a Konoha junto com Chouji Akimichi, Shikamaru Nara, Kiba Inuzuka e Naruto Uzumaki.

Neji enfrenta Kidoumaru e tem uma luta muito sofrida e seu inimigo acaba descobrindo um ponto cego no Byakugan. Neji acaba sendo perfurado duas vezes pelas flechas de Kidoumaru no selo amaldiçoado nível 2. Mesmo quase morto, ele transfire o último golpe em Kidoumaru e fica inconsciente.Sua vida é salva por Shizune e um grupo de ninjas médicos de Konoha e se recupera. Neji vira um ninja mais forte, supera o ódio e se torna um jounnin em Konoha. É mandado para a missão de resgate do Gaara nas mãos da Akatsuki. Na hora de liberar um selo da entrada, se separou de seu grupo e acabou lutando contra uma réplica sua. Depois de muito esforço e estratégia ganhou. Ajudou seu time a encontrar Deidara. Depois todos voltaram para Konoha.